Il peut ne pas savoir si quelqu’un est bon ou méchant, mais il sent toujours si quelqu’un est dangereux. De tous les pouvoirs que Peter possède, le plus incroyable est sans doute son sens d’araignée. Cette sensation de tintement qui nait à l’arrière de son crane, le prévient du danger. Danger qui peut être immédiat, comme un pistolet pointé sur lui ou un coup de poing par derrière ; ou plus subtil, comme un sol glissant ou un sandwich avarié. Bien que son sens d’araignée ne lui dise pas la nature exact de la menace, il sait toujours instinctivement de quel coté bouger pour éviter le danger.

Le sens d’araignée de Spider-Man équivaut à un radar personnel, pas besoin de regarder ou il marche ni ou il lance sa toile : son sens le protège du danger. Il ne craint pas les tuiles instables ou les toits fissurés car son sens d’araignée le prévient toujours à temps pour les éviter. Même s’il était enfermé dans le noir absolu, son sens d’araignée l’empêcherait de se cogner contre les murs. Il le prévient également quand quelqu’un est sur le point de le voir quand il enlève son costume.

Spider-Man peut jauger la proximité et l’importance du danger, par l’intensité du bourdonnement de sons sens d’araignée. Le sens d’araignée de Peter marche même pendant son sommeil, et lorsque Peter est en civil, il le préviendra par exemple d’une collision avec un autre piéton. Tel un compteur Geiger réagissant au danger, Spider-Man se sert de son sens d’araignée pour pister ses ennemis. Il a développé des araignées espionnes ajustées à la fréquence de son sens d’araignée, qui lui permettent de retrouver des ennemis à distance.

Grâce à son sens d’araignée, il est pratiquement impossible de frapper Spider-Man par derrière. Non seulement il sait d’où vient la menace, mais son sens d’araignée active immédiatement ses reflexes pour le tirer d’affaire. Il esquive souvent des coups avant même qu’ils ne soient décochés. Son sens d’araignée réagissant au danger, Spider-Man s’en sert beaucoup au combat, ou pour éviter des balles. Avec le temps il a réalisé que ses réflexes allaient plus vite que son esprit. Parce qu’il peut faire confiance à ses reflexes super-rapides, Spidey peut se permettre de balancer des répliques sanglantes pour déconcentrer l’adversaire. Au fil du temps, son sens d’Araignée a souvent sauvé la vie de Spidey, cependant une de ses faiblesses est son incapacité à détecter Carnage et Vénom.